يتكون الهيكل التنظيمي لمركز التطوير الأكاديمي وضمان الجودة على النحو الآتي:
- مجلس إدارة المركز.
- عميد المركز.
- نائب عميد المركز.
- رئيس وحدة التخطيط الإستراتيجي.
- رئيس وحدة البرامج الأكاديمية.
- رئيس وحدة التدريب والدعم الفني.
- رئيس وحدة التقويم والقياس.
- رئيس وحدة التوثيق والمعلومات.
- امين عام المركز.
- مدير إدارة التنسيق والمتابعة.
- مدير إدارة الشؤون المالية.